Menurut cerita yang digali dari masyarakat awal terciptanya Desa Mangunharjo yaitu diperkirakan sebelum tahun 1300 masehi telah ada penduduk asli yang bertempat tinggal di suatu tempat yang belum ada namanya (yang sekarang bernama Desa Mangunharjo). Selanjutnya diperkirakan tahun 1300 masehi kedatangan seorang pelarian dari Tuban yang namanya Surogati atau Kinolo, yaitu prajurit dari Tuban yang akhirnya menetap disuatu tempat yang belum ada namanya (yang sekarang bernama Desa Mangunharjo) dan kemudian hari kedatangan lagi orang yang bernama Singo Diwongso.

Dengan bertemunya kedua orang tersebut masing-masing menyatakan kebenaran yang artinya kebenaran dan akhirnya kebenaran dijadikan nama tempat bertemunya beliau tadi yaitu MANGUNHARJO. Selanjutnya Surogati membabat Mangunharjo dan keturunannya memerintah jadi pemimpin Mangunharjo, dan Surogati meninggalkan Mangunharjo sampai pada akhirnya meninggal dunia dan dimakamkan di Desa Mangunharjo. Dan Singo Diwongso menciptakan pemerintahan Desa Mangunharjo.

Nama-nama orang yang memerintah di Desa Mangunharjo setelah Surogati dan setelah tahun 1844. Atau yang pernah menjabat hingga sekarang adalah sebagai berikut:

1. KARIYO DONGSO    (Tahun 1831 s.d. 1844)
2. TRO DONGSO           (Tahun 1845 s.d. 1885)
3. TRO MEDJO              (Tahun 1886 s.d. 1920)
4. KARIJO SENTONO   (Tahun 1921 s.d. 1927)
5. TJTRO SENTONO     (Tahun 1928 s.d. 1961)
6. HADI SUKARNO      (Tahun 1963 s.d. 1965)
7. SUNARTO                  (Tahun 1967 s.d. 1990)
8. RUSMINARTO          (Tahun 1998 s.d. 2008)
9. SRI HARTATIK         (Tahun 2009 s.d. 2015)
10. PURNOMO                (Tahun 2015 s.d. 2021)
11. SUPRAPTO                (Tahun 2021 -             )